L'approdo a Roma

Nell'estate del 2005 diventa l'allenatore della Roma. La prima stagione termina con un quinto posto (ma scala al secondo dopo le sentenze di Calciopoli) e una finale persa di Coppa Italia.

La stagione seguente i giallorossi arrivano di nuovo secondi in Serie A ed escono ai quarti di Champions dopo il 7-1 rimediato contro il Manchester United. Spalletti però ottiene il primo trofeo vincendo la Coppa Italia. Nella terza stagione alla guida della Roma, Spalletti porta la squadra a un nuovo secondo posto in campionato.

Arrivano però i trionfi in Supercoppa italiana e ancora in Coppa Italia. Invece in Champions il cammino si ferma nuovamente ai quarti, sempre con il Manchester United (dopo aver eliminato agli ottavi il Real Madrid). La stagione seguente è invece avara di successi e si chiude con un sesto posto in Serie A e l`uscita agli ottavi di Champions contro l'Arsenal.