Era nato a Genova il 29 novembre 1936. Laureato in giurisprudenza presso l'Università di Catania. Due matrimoni e quattro figli Angelo e Francesca, avuti da Lina Sotis, e Gilda e Gabriele, nati dalle seconde nozze con Letizia Brichetto Moratti. È stato anche presidente dell'Unione Petrolifera, componente del Comitato Ministeriale per l'Industria, del Comitato Interministeriale per il Coordinamento dell'Emergenza Energetica e anche nel Comitato Nazionale di Coordinamento Contro l'Abuso di Droghe.
Gian Marco Moratti è stato anche nei consigli del Corriere della Sera, della Bnl e dell'Inter e presidente di Norman Kraig & Kummel Italiana.
Nell'ottobre del 2013 con il fratello Massimo ha blindato il gruppo di famiglia con un patto siglato dalle due accomandite (Sapa) di Gian Marco e Massimo Moratti, nate dalla scissione in due della Angelo Moratti Sapa, vincolando così il 50,02% del capitale della Saras (25,01% ciascuno).