Doppio Piatek e due tiri dal dischetto a favore in un quarto di finale al cardiopalmo e a rincorsa, ma alla fine alla Fiorentina per raggiungere le semifinali di Coppa Italia è necessario un acuto di Milenkovic nel recupero del secondo tempo in inferiorità numerica. Ingenua l'Atalanta, spuntata quanto capace di ribaltarla fino al secondo penalty, parato da Musso ma con tap-in del polacco, sulle ali dell'eurogol di Zappacosta e dell'assolo di Boga.

Il centravanti ospite, alla prima da titolare, spiazza Musso dagli 11 metri dopo 9 minuti, ma alla regia arbitrale ne servono due, dal check, per sanzionare un contrasto fra Nico Gonzales (che mette la gamba sotto l'avversario) e De Roon appena oltre il limite, con Castrovilli a suggerire per il compagno accentratosi da destra. Quattro minuti e chi s'è procurato il penalty, appoggiato da Saponara, impegna a giro dal limite il portiere di casa. Fine della supremazia viola, ma i bergamaschi pungono davvero poco, senza trovare trame. Al 17' la punizione da destra di Boga detta i tempi dello stacco all'impreciso Hateboer, appena scollinato il ventesimo ecco la lunga volata dell'ivoriano, schierato in avanti con Malinovskyi, chiuso nella sua palla in mezzo dalla diagonale di Igor.

Comincia una sfida a inerzia invertita, anche se sfiorato l'1-1 da Malinovskyi, giratosi in un fazzoletto per il sinistro a incrociare largo di poco (25'), è ancora Musso a dire di no al tentativo defilato, stavolta a mezz'altezza, dello scatenato Gonzalez due minuti più tardi. Alla mezzora Freuler sale di tono e in cattedra, inserendosi bene sugli sviluppi di una manovra insistita e scaricando per destro nel sette, potente e precisissimo, dell'esterno di Sora, che scheggia la traversa inferiore. Se Gasperini è costretto a sostituire l'acciaccato Palomino con Koopmeiners (37') arretrando De Roon sulla linea della difesa a tre, allo start del recupero il possibile 2-1 di esterno di Boga, accarezzato dal tracciante dell'autore del pari, si stampa sul palo.

Nella ripresa, superata la fiammata di forcing che produce il terzo tempo alto di Piatek (9') chiamato da fermo da Biraghi, l'ex Sassuolo trova il varco tra Odriozola e Quarta completando la rimonta a fil di secondo palo. Al 21' Sottil, cambio di Gonzalez, allarga il piattone innescatogli da Biraghi. Un poker cronometrico e un presunto contrasto gamba-nuca Koopmeiners-Maleh provoca il secondo rigore per i toscani, che Piatek calcia addosso a Musso salvo ribadire in gol.

L'Atalanta si ridesta sfiorando il nuovo vantaggio con Pessina testa su traversone da destra del firmatario del caso da moviola numero due e Zappacosta, servito dallo stesso monzese, che coglie la parte alta della traversa. È il 34' e Quarta stende Muriel rimediando la doccia anticipata. La squadra di Italiano in dieci tiene duro e al 2' di recupero Djimsiti manca il 3-2 alzandosi sulla scodellata di Hateboer. Un minuto e Bonaventura sponda per il tiro nell'angolino di Milenkovic sulla sventagliata dalle retrovie su punizione di Biraghi: il check è per un offside di Torreira che però non c'è.