Gli arresti sono stati fatti dai carabinieri della Compagnia di Lucera in esecuzione di un'ordinanza di custodia cautelare, emessa dal Gip del Tribunale di Foggia su richiesta della procura. Il provvedimento è arrivato a termine di una indagine condotta dalla fine del 2016 fino a marzo 2017 e partita dalla denuncia presentata dal padre di un alunno di quarta elementare nei confronti di una delle maestre arrestate. Segni di malessere tra gli scolari erano comunque emersi all'inizio dell'anno scolastico con una insolita migrazione di bambini verso istituti di paesi vicini.
Gli investigatori hanno quindi ascoltato una quindicina tra insegnanti e genitori, e poi installato in classe una telecamera.
Sono state le immagini raccolte a determinare poi l'allargamento dell'inchiesta ad altre insegnanti tanto che sono state posizionate più telecamere che hanno evidenziato maltrattamenti da parte delle maestre anche in seconda elementare.